A história começa quando a estudante Aoi Nagisa é transferida para estudar no 1° ano colegial no colégio católico para garotas localizado no Monte Astrea, que se divide em três escolas: St. Miatre, St. Spica e St. Lilim.

Fascinada com o local onde as estudantes de cada colégio passeavam usando belos uniformes com as cores e emblemas de sua referidas academias, Nagisa acaba perdendo a noção do tempo e no meio de sua admiração acaba se distraindo, e quando menos espera, despenca de um pequeno desfiladeiro indo parar no grande jardim no Monte Astrea. Depois de muito andar sem saber para onde ir, desanimada, decide descançar numa frondosa árvore, quando por detrás dela surge uma garota de extrema beleza, com longos cabelos prateados e olhos âmbares, logo vemos uma forte atração entre ambas.

A partir de então Nagisa é matriculada no colégio St. Miatre, tendo como amiga de guarto Suzumi Tamao que desde o primeiro dia se torna uma fã inveterada de Nagisa (tipo uma relação entre Tomoyo e Sakura), Miyuki Rokujõ é a representante do grêmio estudantil de St. Miatre que lhe informa as regras da academia e lhe apresenta Shizuma Hanazono, conhecida como Etoile (que do francês significa estrela), ela é a escolhida das três escolas para representa-las, a estudante mais amada e popular do Monte Astrea, e para a surpresa de Nagisa, é a mesma com quem teve o inesperado encontro no Jardim.

O anime é um romance yuri muito parecido com Maria-sama ga Miteru, que também se passa num colégio católigo feminino, mas o que os diferencia seria a forma mais explícita do relacionamento entre garotas, porém nada vulgar, pois a cada relacionamento que vemos em Strawberry Panic é recheado de romance e muito drama.

É interessante a forma como é abordado no anime os temas amor e amizade, tanto que as vezes, questionamos onde fica o limite de um para o outra, isso devido a união e até devoção entre duas personagens, ou uma delas para a outra.

O enredo em si parece ser bem inocente, até por que as regras dentro de um Colégio Caólico são mais rígidas no sentido de ser mais recatado e erudito, porém há doses de comédia e diversão, afinal estamos falando de uma série com personagens adolescentes e uma protagonista para lá de desastrada. Mais do que recomendado ver Strawberry panic!